1549 war der heilige Franz Xaver aus dem Jesuitenorden als erster christlicher Missionar nach Japan gekommen. Die Evangelisierung machte schnelle Fortschritte. Um das Jahr 1590 gab es in Japan ca. 220.000 Katholiken, die von etwa 40 Priestern – jesuitische Missionaren – betreut wurden. 1587 begann aber die Christenverfolgung. Niederländische Calvinisten hatten das japanische Shogunat (= Regierung) gegen die katholischen Missionare aufgehetzt, um die spanisch portugiesische Handelskonkurrenz auszuschalten. In Wirklichkeit provozierten sie damit eine generelle Verfolgung des Christentums. 1587 mussten alle ausländischen Missionare das Land zu verlassen. Ein Teil von ihnen ging in den Untergrund.  Ab 1596 wurden aufgegriffene Priester und Ordensleute verhaftet und grausam hingerichtet. Ab 1612 wurde jede christliche Aktivität verboten und mit dem Tod bestraft. Es wurde Jagd auf japanische Katholiken gemacht. Um sie aufzuspüren, mussten sich alle Japaner in buddhistischen Tempeln registrieren lassen. Dabei wurde jeder einzeln gezwungen, auf christliche Symbole oder Bilder zu treten (Tret-Bild, siehe oben). Wer zögerte oder sich weigerte, galt als Christ. Hielten sie am Glauben fest, wurden sie hingerichtet. Schworen sie dem Glauben ab, wurden sie als abgefallene Christen registriert und die ganze Familie für sieben Generationen unter Aufsicht gestellt. In Orten wie Nagasaki, die als christliche Zentren bekannt waren, wurde die Enttarnung von Christen jedes Jahr wiederholt. Japan wurde durch die Regierung vom Ausland abgeschirmt und der christliche Glaube schien völlig ausgerottet zu sein.

Erst 1853 durften wieder Ausländer nach Japan kommen. Pater Petitjean war einer der erste katholischen Missionare. Er hatte auch eine kleine Kirche gebaut zu Ehren der japanischen Märtyrer. Am 17. März 1865 kam es zu einer Begegnung, in der sich ein Wunder offenbarte. Eine Gruppe von etwa 15 Japanern – Männer, Frauen und Kinder – kam zu ihm. Er ging mit ihnen in die Kirche. Er kniete vor dem Hochaltar zu einer kurzen Anbetung nieder und bat den Herrn vertrauensvoll, ihm die rechten Worte einzugeben. Da näherten sich ihm drei Frauen, knieten neben ihm nieder, und eine von ihnen wisperte, die Hand aufs Herz gelegt: „Wir alle haben das gleiche Herz wie Sie.“  Der Pater fragte erstaunte: „Woher kommen Sie denn?“  „Urakami, wo fast alle das gleiche Herz haben“, lautete die Antwort. Dann fragte eine der Frauen: „Wo ist die Statue der hl. Jungfrau Maria?“ Der Priester führte sie zum Marienaltar, wo alle mit ihm niederknieten, vor Freude weinten und ausriefen: „Ja, das ist wirklich Maria mit ihrem göttlichen Kinde in den Armen.“ Sie hatten die wahre hl. Kirche wieder gefunden.
Auf ihrer Suche hatte die  „Verborgenen Christen“, wie man sie auch nannte,  zuerst eine protestantische Kirche entdeckt. Als die Ehefrau des Pastors sie empfing und ihnen Englischen Tee anbot, verließen sie den Ort sofort.

In weiteren Begegnungen stellte sich heraus, dass es in Japan noch etwa 10.000 „Verborgene Christen“ gab, die den katholischen Glauben schon kannten und durch 200 Jahre bewahrt hatten, obwohl sie außer der Taufe keine Sakramente hatten und immerfort von der Verfolgung bedroht waren. Es war ein Wunder des Hl. Geistes.